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基因组denovo测序

产品简介

近年来,高通量测序技术的迅猛发展,极大地推动了全基因组测序工作的展开,全球已有几百种的植物和动物完成了全基因组测序工作。通过全基因组测序,人们可以获得物种的全基因组序列图谱,从而为该物种后续的研究和产业化应用奠定基础。随着高通量测序技术的发展,成本的降低,动植物基因组组装不再 是大牛的专利,假如您致力于该物种的深入研究,denovo测序组装它的基因组必然会推动您的研究进程。

基因组从头测序(De novo sequencing)是在不依赖参考基因组的情况下对某物种进行基因组测序及拼接组装,从而绘制该物种的全基因组序列图谱。基因组测序不仅可以获得该物种的全基因组序列图谱,同时也为后续物种起源进化及特定环境适应性的研究奠定了基础。

研究内容

基因组Survey:
1) K-mer分析以及基因组大小估算;2) 杂合率估算;3) 初步组装;4) GC含量评估。
基因组组装:
1) 组装结果评估;2) GC-Depth分布分析;3) GC含量分布分析;4) 测序深度分析;5) 常染色体区域覆盖度评估(需要客户提供BAC或者Fosmid序列);6) 基因区覆盖度评估(需要客户提供EST或者转录组序列)。
基因组注释:
1) repeat注释;2) 基因预测;3) 基因功能注释;4) ncRNA注释。
比较基因银河国际·Galaxy分析:
1) 基因聚类分析(也叫基因家族鉴定,动物TreeFam;植物OrthoMCL);2) 物种系统进化分析;3) 物种分歧时间估算(需要标定时间信息);4) 基因组共线性分析;5) 全基因组复制分析(动物WGAC;植物WGD)。
定制化个性化分析:
结合客户需求,协商确定个性化分析内容。

结果展示

送样建议

1)  样品类型:DNA;
2)  样品浓度:≥50 ng/ul(Qubit定量);
3)  样品总量:>60ug(Qubit定量);
4)  样品纯度:OD260/280:1.7 ~ 2.2;OD260/230≥0.5;260吸收峰正常不偏移;无蛋白质、RNA或肉眼可见杂质污染;
5)  若提供组织样品,则植物样本需为无菌黄化苗、组培样品或嫩叶;

6)若需要做Hi-C测序,则需要提供新鲜的活体。
注:需从同一个体取样,预防由于个体差异对后续拼接造成的影响,调研图和精细图也需要从同一个体取样;如无选取同一个体的条件,须再沟通决定取样方式。

010-80543251

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